La data de 28 septembrie 1848, a treia Adunare națională de la Blaj adresa Parlamentului de la Viena „Memoriul poporului român din Transilvania”, prin care se susținea principiul egalității naționale cu toate popoarele din imperiu.
La adunare au participat peste 20.000 de țărani români conduși de Avram Iancu, Axente Sever și Iovin Bran. Recunoscută ca ”Adunarea Marțială”, întrunirea a hotărât înființarea de urgență a unei armate revoluționare românești. Simion Bărnuțiu, August Treboniu Laurian și Alexandru Papiu Ilarian au fost pașoptiștii care au dat tonul adunării. Participanții au respins unirea Transilvaniei cu Ungaria și au refuzat să recunoască guvernul de la Pesta.
De asemenea, au decis să înființeze Comitetul Național Român ca organ de conducere a națiunii și au cerut reorganizarea constituțională a Transilvaniei. A treia adunare de la Blaj a dus la formarea unei armate de 300.000 de oameni.
Convocarea unei noi adunări naţionale a fost determinată de o serie de factori, precum evenimentele din cursul verii, rezistenţa ţărănească, poziţia antiunionistă a regimentelor româneşti de graniţă, constituirea celor trei nuclee revoluţionare, şi anume: în nord, în jurul regimentului de la Năsăud; în sud, cu centrul la Sibiu şi Orlat, şi, respectiv, în vest, în zona Munţilor Apuseni, sub conducerea lui Avram Iancu, care au împiedicat de facto uniunea Transilvaniei cu Ungaria. La toate acestea s-au adăugat recrutările pentru armata ungară, care s-au lovit de nesupunerea comunităţilor româneşti, soldate cu arestări, în urma expediţiilor militare şi chiar, în multe cazuri, cu condamnări la moarte. Totodată, pe fundalul trecerii la conflict armat între guvernul revoluţionar ungar şi Austria constituţională s-a pus problema organizării mişcării revoluţionare româneşti, ca şi a reevaluării programului naţional, potrivit volumului ”Istoria românilor, vol. VII, tom I – Constituirea României Moderne (1821-1878)” (Editura Enciclopedică, 2003).
În septembrie 1848 are loc a treia adunare naţională la Blaj. Axente Sever a profitat de tulburarea produsă de mulţimea de români din zona Sibiului, care la finele lunii august a eliberat deţinuţii politici români. Pe acest fond, el a strâns o trupă de 500 tineri, i-a înarmat şi a pornit spre Blaj. Trupa a sporit pe drum cu mulţi alţi recruţi, astfel că trupa iniţială de 500 oameni soseşte la Blaj pe data de 14 septembrie cu un efectiv de 2.000 combatanţi. În termen de opt zile la Blaj s-au adunat 60.000 români pe Câmpia Libertăţii, pentru a treia adunare naţională. În dimineaţa de 21 septembrie ajunge la Blaj şi Avram Iancu, în fruntea a 6.000 moţi înarmaţi. Comisarul maghiar Vay a încercat să-i mituiască pe Ion Buteanu, Axente Sever şi Iovian Brad pentru a-i împrăştia pe români. A fost tratat cu un refuz ferm de către aceştia. Comisarul a rămas impresionat, după cum singur relatează, până la adânci bătrâneţi, de privirea ameninţătoare a lui Avram Iancu, care s-a pronunţat la această adunare naţională în favoarea apărării cu orice preţ a pretenţiilor româneşti.
În cadrul Adunării s-a rediscutat programul din mai, căruia i s-au adăugat mai multe cereri. S-a protestat, din nou, împotriva uniunii Transilvaniei la Ungaria, iar hotărârea adunării a fost însoţită şi de precizarea unor modalităţi prin care românii vedeau posibilă convieţuirea cu celelalte naţionalităţi. Între propuneri s-au aflat: redeschiderea Dietei Transilvaniei, din care să facă parte ”români, germani şi unguri, aleşi după proporţiunea sufletelor dintre numitele naţiuni spre a se înţelege mai departe despre starea viitoare a ţării”; formarea unui guvern provizoriu alcătuit din reprezentanţi ai celor trei naţionalităţi, proporţional cu numărul lor etc. Adunarea a mai cerut desfiinţarea robotelor, a execuţiilor militare. De asemenea, a fost elaborat un document ”Memoriu al poporului român din Transilvania”. Susţinând principiul egalităţii naţionale cu toate popoarele din Imperiu, participanţii la adunare au cerut în numele lor şi ”al fraţilor din Principatele Dunărene” unirea tuturor românilor într-o uniune de popoare libere, sub conducerea Austriei.
A treia adunare naţională de la Blaj a confirmat cererile formulate de români la adunarea din 3-5 mai 1848, ţinută tot la Blaj, cerând în plus formarea unei gărzi naţionale româneşti înarmate, similară cu garda naţională maghiară care fusese deja constituită şi înarmată de către guvernul austriac. Procesul verbal al adunării a fost semnat şi de Avram Iancu. La 30 septembrie Iancu pleacă cu moţii săi înapoi în munţi.
La inițiativa lui Avram Iancu, românii s-au constituit în 15 legiuni comandate de un prefect, care au început lupta împotriva maghiarilor chiar din octombrie.